HACCP و گواهی‌نامه‌های ISO برای اهداف متفاوتی به کار می روند، اما مکمل یکدیگر هستند. HACCP بر بهداشت امکانات، تجهیزات و محصولات متمرکز است که همه آن‌ها باید استانداردهای دولتی را برآورده کنند. ایزو یک روش کنترل کیفیت است. هر دو استاندارد می‌توانند به طور جداگانه یا به طور همزمان اجرا شوند. به نظر ما، گواهی‌نامه HACCP در صنعت مواد غذایی اولویت بیشتری برای شرکت‌های موجود در صنعت مواد غذایی دارد و بهترین حالت ممکن این است که در کنار ایزو ۹۰۰۱ و ایزو ۲۲۰۰۰ همزمان اجرایی شود. در حالی که HACCP عمدتا بر کنترل فرایندهای تولید متمرکز است، ایزو طبیعت گسترده تری دارد و تمام پروسه های پشتیبانی را در نظر می گیرد. هر دو سیستم مستلزم فرایندهای رسمی مستند شده هستند. HACCP حالت اجرایی بیشتر و استاندارد های ایزو حالت مدیریتی بیشتری دارند. به هر حال HACCP را می توان جزئی از یک سیستم مدیریت کلی کیفیت یعنی ایزو ۲۲۰۰۰ دانست.