درگاه پرداخت واسط یا غیرمستقیم، برخلاف درگاه‌های مستقیم به حساب بانکی شما متصل نیستند. این درگاه‌ها به حساب شرکت‌های به نام پرداخت یار وصل هستند که به عنوان یک رابط بین شما و بانک عمل می‌کنند. زمانی که شما برای فروشگاه اینترنتی خود از یک درگاه واسط استفاده کنید، هنگامی که مشتری از شما خرید می‌کند، مبلغ تراکنش او کامل برای شما واریز نمی‌شود. این مبلغ اول به حساب شرکت واسط می‌رود. سپس با تاخیر زمانی و بعد از کسر کارمزد به حساب شما واریز خواهد شد. ناگفته نماند که شرکت‌های پرداخت یار هم از بانک مرکزی مجوز می‌گیرند و زیر نظر آن فعالیت می‌کنند.